Časté otázky
Ako prebieha odber vzorky?
Na zistenie, či má človek koronavírus, zdravotnícky pracovník pomocou tampónu na dlhej tyčinke jemne poškriabe zadnú časť nosohltana vyšetrovanej osoby. Po výtere nosohltanu bude na konci tampónu časť buniek a hlienu, ako aj všetky baktérie alebo vírusy, ktoré sa v mieste steru vyskytovali. Ten istý proces sa potom zopakuje znovu druhým tampónom, ale výter sa urobí z hrdla. Tampóny sa potom rýchlo vložia do skúmavky obsahujúcej špeciálne médium, ktoré zaistí bezpečnosť zhromaždeného vírusu. Potom sa skúmavka uzavrie a odošle do testovacieho laboratória. Je dôležité, aby testovaný človek aspoň hodinu pred odberom nepoužíval žiadne prostriedky na ústnu hygienu ako ústnu vodu alebo zubnú pastu. Rovnako hodinu pred odberom nejedzte a nefajčite.
Dostanem výsledok aj v cudzom jazyku?
Výsledok vyšetrenia obdržíte po spracovaní vašej vzorky v laboraóriu e-mailom vo formáte PDF v dvojjazyčnej verzii - slovensky a anglicky. Dokument si môžete podľa vlastnej potreby vytlačiť.
Ako odhaľujeme prítomnosť britskej a juhoafrickej verzie vírusu?
Pri analýze vzorky používame protokol so špeciálne navrhnutými primermi a próbami, vďaka ktorým vieme s veľmi vysokou presnosťou detekovať mutácie prislúchajúce britskému a juhoafrickému variantu koronavírusu SARS-CoV2.
Ako prebieha RT-PCR test v laboratóriu?
Pretože SARS-CoV-2 obsahuje iba RNA ako svoj genetický materiál, prvým krokom je extrakcia a izolácia všetkej RNA zo vzorky pacienta. S RNA sa ale v laboratóriu pracuje ťažšie ako s DNA, pretože je veľmi nestabilná a relatívne rýchlo sa rozpadne. Narozdiel od nej, DNA sa dá namnožiť a kvantifikovať pomocou relatívne jednoduchej a presnej metódy nazývanej polymerázová reťazová reakcia alebo PCR. Avšak PCR nefunguje s RNA. Preto najskôr zmeníme RNA na DNA pomocou enzýmu nazývaného reverzná transkriptáza, z tohto názvu pochádza skratka RT-PCR. V ďalšom kroku sa špecificky sústredime na to, aby sme namnožili DNA pôvodne získanú reverznou transkiptázou z RNA. Ak sa však vírus vo vzorke nenachádza, nie je čo množiť a preto vyjde výsledok negatívny. Naopak, ak sa vo vzorke nachádza čo i len veľmi malé množstvo vírusu, pomocou tejto metódy vieme prítomnosť vírusu odhaliť.
Prečo je RT-PCR lepšia metóda ako antigénový test?
Medzi týmito dvomi metódami je zásadný rozdiel v tom, akým spôsobom dokazujú, že je človek nakazaný vírusom. Zatiaľ čo antigénové testy sa zameriavajú na detekciu vírusového proteínu vo vzorke, ktorého musí byť veľmi veľa na to, aby test vyšiel pozitívne, RT-PCR metódou zisťujeme prítomnosť genetického materiálu vírusu - RNA. Pokiaľ sa vo vzorke vyskytuje čo i len malé množstvo vírusu, RT-PCR metódou sa dokáže odhaliť vďaka tomu, že sa táto vírusová RNA špecificky namnoží. Tento proces je možný iba vo vzorke, kde je prítomný vírus. Nie je možné množiť niečo, čo sa vo vzorke nevyskytuje. RT-PCR metóda sa považuje za zlatý štandard v laboratórnej diagnostike a je tiež odporúčaná Svetovou zdravotníckou organizáciou na diagnostiku SARS-CoV2.
Prečo RT-PCR test, keď antigénový test ma špecificitu takmer 100%?
Špecificita by nemala byť jediným kritériom pri voľbe testu. Špecificita nám hovorí, s akou presnosťou vieme určiť, že vzorka, ktorá bola označená ako pozitívna, je naozaj pozitívna. A v tomto sa väčšinou nemýlia ani antigénové testy. Problém nastáva pri senzitivite týchto testov. Napriek tomu, že mnohí výrobcovia vedome závadzajú pri hodnotách senzitivity nad 90%, nie je to celkom pravda. Na to, aby sme to pochopili, je potrebné poznať patogenézu tohto ochorenia. Pri nakazení dostane človek určitú dávku vírusu. Ten sa v tele začne množiť až pokiaľ sa nepremnoži natoľko, že sa u niektorých ľudí prejavia symptómy ochorenia. Táto fáza sa nazýva inkubačná doba. Množstvo vírusu u človeka stúpa, ale nie je dostatočne vysoké na to, aby sa zachytilo antigénovým testovaním. To isté platí na konci ochorenia, keď množstvo vírusu v tele postupne ubúda. Antigénové testy zachytia iba veľmi vysoké množstvo vírusu, počas doby, kedy je človek najviac infekčný. Je však treba pripomenúť, že človek môže byť infekčný už počas inkubačnej doby a aj dlho po tom, ako odzneli symptómy. Viaceré štúdie [1-4] potvrdili, že senzitivita antigénových testov sa pohybuje medzi 20-50%. To znamená, že polovica až dve tretiny pozitívnych vzoriek sú antigénovými testami falošne označené ako negatívne. Preto je jedinou spoľahlivou metódou na testovanie RT-PCR test.
Referencie:
- Hirotsu Y, Maejima M, Shibusawa M, Nagakubo Y, Hosaka K, Amemiya K, et al. Comparison of automated SARS-CoV-2 antigen test for COVID-19 infection with quantitative RT-PCR using 313 nasopharyngeal swabs, including from seven serially followed patients. Int J Infect Dis. 2020 Oct;99:397-402.
- Mak GC, Cheng PK, Lau SS, Wong KK, Lau CS, Lam ET, et al. Evaluation of rapid antigen test for detection of SARS-CoV-2 virus. J Clin Virol. 2020 Aug;129:104500.
- Scohy A, Anantharajah A, Bodeus M, Kabamba-Mukadi B, Verroken A, Rodriguez-Villalobos H. Low performance of rapid antigen detection test as frontline testing for COVID-19 diagnosis. J Clin Virol. 2020 Aug;129:104455.
- Kruttgen A, Cornelissen CG, Dreher M, Hornef MW, Imohl M, Kleines M. Comparison of the SARS-CoV-2 Rapid antigen test to the real star Sars-CoV-2 RT PCR kit. J Virol Methods. 2021 Feb;288:114024.